高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国,他帮助警方解决了很多棘手案件。某日,他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇
到了一起因情生恨凶杀事件,其中,有两名黑衣人引起了工藤的注意,工藤暗中跟踪却被发现,黑衣给他灌下毒药后离开,当被警察发现时,工藤已
变成了小孩儿的模样。
阿笠博士带着少年侦探队来到冈山县仓敷市展开了一场古代史之旅,他们在这里结识了因同学会而重新聚在一起的五名男女,然而就在大家按照捡来
的暗号进行寻宝时,却发现那五人中的一人突然死亡,另外一个则被当做重要关系人接受调查,根据少年侦探队所找到的时光保存罐以及死者留下的
死亡讯息,柯南断定凶手就在剩下的四人中,但要抓住真凶,就必须要找到其他两个时光保存罐。