高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国,他帮助警方解决了很多棘手案件。某日,他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇
到了一起因情生恨凶杀事件,其中,有两名黑衣人引起了工藤的注意,工藤暗中跟踪却被发现,黑衣给他灌下毒药后离开,当被警察发现时,工藤已
变成了小孩儿的模样。
13年前,发生过的国友淳大的沉船海难事件和公馆全体工作人员的家属死亡事件渐渐的浮上水面。柯南认为有恐高症的波花不会接近关口被杀的3层
的阳台,所以很难行凶。同样茂子,绵引,赤冢也有奇怪的习惯和病症,都不太可能是杀害关口的犯人。而在药瓶上检测出来的未知的指纹更使凶手
的身份疑团加深,但是在柯南的推理下最终确定了凶手的身份。