高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国,他帮助警方解决了很多棘手案件。某日,他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇
到了一起因情生恨凶杀事件,其中,有两名黑衣人引起了工藤的注意,工藤暗中跟踪却被发现,黑衣给他灌下毒药后离开,当被警察发现时,工藤已
变成了小孩儿的模样。
利用步美找到的暗号解读表,柯南本以为能顺利解开暗号,不料却遇到了瓶颈。正当此时,若狭老师再次拜托少年侦探团前往旧仓库寻找石灰。来到旧仓库的众人发现仓库一片狼藉,在若狭老师不经意的提示下,柯南终于解开了暗号的含义,并推测犯人将再次来到旧仓库。为了避免打草惊蛇,柯南设计误导犯人,并在深夜与若狭老师等人再次来到旧仓库,柯南能否顺利将犯人一网打尽?