高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国,他帮助警方解决了很多棘手案件。某日,他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇
到了一起因情生恨凶杀事件,其中,有两名黑衣人引起了工藤的注意,工藤暗中跟踪却被发现,黑衣给他灌下毒药后离开,当被警察发现时,工藤已
变成了小孩儿的模样。
柯南认为这并非单纯的自杀事件,期间一定存在凶手X,于是他匆忙跑去调查,与此同时,原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察觉到了蛛丝马
迹,当他赶到与浦生良造初次见面的餐馆时碰巧遇见了柯南,两人一起寻找线索,虽然关键性的证据被暗中袭来的凶手抢走,但小五郎还是知道了凶
手是谁,面对真相与友谊,身为侦探的小五郎该做何选择?