高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国,他帮助警方解决了很多棘手案件。某日,他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇
到了一起因情生恨凶杀事件,其中,有两名黑衣人引起了工藤的注意,工藤暗中跟踪却被发现,黑衣给他灌下毒药后离开,当被警察发现时,工藤已
变成了小孩儿的模样。
电视台为了举办一场东西推理大对决,便邀请小五郎和服部一起来冲绳岛。之后大家与电视台的工作人员事先搭船到发现不明男尸与诡异文字的无人
岛,考察完毕准备返回时,却在海滩上发现了被不明人士杀害的工作人员之一平良小姐,而在她的身旁还留下了一行让人不快的字句,就在服部和柯
南进行推理时,送他们来的船只和船长也消失了踪影。