高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国,他帮助警方解决了很多棘手案件。某日,他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇
到了一起因情生恨凶杀事件,其中,有两名黑衣人引起了工藤的注意,工藤暗中跟踪却被发现,黑衣给他灌下毒药后离开,当被警察发现时,工藤已
变成了小孩儿的模样。
柯南、步美等人从博士家里找到了一封四十年前来自博士初恋情人的信,信上除了说每十年在回忆的地点见面之外,还留下了一串像是暗示地点的数
字,而今天刚好是四十年后的相约之日。经过推理,他们一行人来到动物园,将信上的数字与动物入园的顺序相结合,他们找到了飞鼠馆,而正巧在
他们的面前站着一位女性,她会是阿笠博士的初恋吗?